天草エアラインは、機体の被雷に伴い、4月5日まで全便を欠航する。
飛行中に被雷したのは、3月18日の天草発熊本行きのMZ201便。同便は定期点検中の同社機に代わり、共通事業機である日本エアコミューター（JAC）の機体（ATR42-600型機、機体記号：JA01JC）で運航しており、避雷後に天草に引き返し後に欠航。同便以降の全便が欠航となっている。
整備に時間を要する見込みとなったとしており、運航再開の目途は立っていないという。運休便数は計188便。予約客には全額払い戻し、他交通機関の案内を行うとしている。