航空各社は、台風21号の接近に伴う悪天候のため、特別対応を実施する。
特別対応対象便の航空券は、遅延や欠航に関わらず手数料なしで便の変更・振替・払い戻しを受け付ける。10月30日午後10時時点での特別対応を行う航空会社と便は以下の通り。
・全日本空輸（ANA）グループ
10月31日：宮古・石垣を発着する便
・日本航空（JAL）グループ
10月31日：宮古・多良間・石垣・与那国を発着する便
11月1日：与那国を発着する便
・スカイマーク
10月31日：下地島を発着する便