全日本空輸（ANA）は、台風21号の影響で国内線の41便を欠航する。
10月30日午後2時時点で、10月30日の石垣発着の1便、10月31日の石垣・宮古発着全便となる38便、11月1日の石垣・宮古発着の2便の計41便の欠航を決めた。影響人数は2,790名。
また、10月30日午後から31日にかけての石垣発着便、10月31日の宮古発着便で航空券の特別対応を実施している。運航状況にかかわらず、変更や払い戻しを無手数料で受け付ける。
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